1972年にジョン・シェイファーは、23年間の出版業界でのキャリアを捨て、ワインメーカーに転身しました。スタッグス・リープにある210エーカーの土地を購入したシェイファー家は、岩だらけの急峻な畑で作業を始め、1920年代に植えられた既存のブドウ畑の植え替えを行い、最終的にはブドウ畑の面積を現在の50エーカーにまで拡大しました。現在では、ヴァレー全域のにブドウ畑を所有しており、スタッグス・リープに79エーカーの最大の敷地を持っています。また、スタッグス・リープの南、ヴァカ山脈の麓に60エーカー、カーネロスに66エーカーの畑を所有しています。
ジョンと息子のダグ、そしてワインメーカーのエリアス・フェルナンデスは、自らを農家と呼び、それを誇りに思っています。ダグは、カリフォルニア大学デービス校で醸造学とブドウ栽培の学位を取得した後、1983年にワインメーカーに就任しました。
その1年後、イライアス・フェルナンデスがアシスタント・ワインメーカーとしてワイナリーに加わっています。ダグとエリアスは、緊密に協力し、品質、一貫性、エレガンスというシェーファーのスタイルを確立しました。
また、1989年に畑を引き継いだダグは、土壌が疲弊していたことからオーガニック技術を畑に取り入れ始めました。
当時は「オーガニック」栽培という農法はまだあまり知られておらず、横目で見られる時代でした。
また、ナパ・ヴァレーで最も早く太陽光発電のみを導入したワイナリーのひとつとしても有名で、環境に配慮した持続的な農法を実践しているワイナリーです。
ダグとエリアス、そしてシェーファーのチームの努力によって、量と質を兼ね備えた数少ないカリフォルニアのワイナリーのひとつとして認知され、消費者から非常に高い人気を得ています。
ワイン専門誌「Wine & Spirits」で世界のトップ25のブドウ畑のひとつに、そして、ロバート・パーカーからは「世界で最も偉大なワイナリーのひとつ」に選ばれています。 代表的なワインであるHillside Selectをはじめとするシェーファーのワインは、世界中のコレクターに愛され、一流ホテルやレストランのワインリストに掲載されています。